Silent Hill, Maine, é uma pacata cidade resort americana conhecida por seu ambiente muito tranquilo, mas as memórias de um trágico incêndio em casa há sete anos, no qual uma garota chamada Alessa Gillespie "morreu", ainda assombra a cidade e os moradores da cidade. Tendo sua esposa Jodie morrendo de doença há quatro anos, Harry Mason é um pai solteiro com uma filha adotiva, Cheryl. Harry ainda está sofrendo com a morte de Jodie, e para ajudar seu estado mental, Cheryl implora para que ele tire umas férias relaxantes na cidade turística de Silent Hill, e Harry cede.


Devido a problemas com o carro, Harry e Cheryl chegam nos arredores de Silent Hill à noite, seguindo a estrada sinuosa da montanha. Enquanto dirigia na periferia da cidade, Harry vê uma garota (uma projeção astral) atravessando a rua. Harry gira seu carro para evitar bater nela e fica inconsciente pelo acidente de carro resultante.

Harry acorda mais tarde para descobrir que Cheryl desapareceu e é forçado a se aventurar na cidade coberta de neve para resgatá-la. À primeira vista, Harry observa que todo o lugar, ou pelo menos Velha Silent Hill, parece estar abandonado. Harry sai da área para olhar ao redor e vê Cheryl fugindo, e ele imediatamente se apressa para segui-la. Perseguindo-a pelas ruas de Silent Hill, ele se vê correndo por uma pequena rua residencial e entrando em um beco escuro.

O céu de repente fica escuro, uma sirene toca ao longe, e quando Harry ilumina a área com um isqueiro, ele descobre que todo o seu ambiente se transformou em um reino mais escuro. O pavimento da estrada foi substituído por grades de metal enferrujado e plataformas, e as paredes são uma série escura e suja de cercas de malha e elo da cadeia. Tudo está coberto de ferrugem e sangue, com uma ponta de arame farpado, e as formas dos corpos pendentes são perceptíveis por trás da malha. Os sons de metal e moagem industrial formam uma constante cacofonia de ruído ambiente. Sem nenhum lugar para ir, Harry segue o beco e encontra o corpo perturbador de um cadáver mutilado pendurado em uma cerca diante dele. Momentos depois, ele é atacado por monstros pequenos, infantis, e apesar de seus melhores esforços, Harry é finalmente dominado e "morto".


Ele acorda em um restaurante deserto chamado Café 5to2. Uma policial chamada Cybil Bennett da cidade vizinha de Brahms aparece, e depois de uma breve conversa, ela fornece uma arma e deixa para procurar ajuda. No restaurante, Harry se arma com um mapa, uma faca e uma lanterna. Enquanto Harry tenta sair do restaurante, um rádio em uma mesa próxima começa a emitir estática, fazendo Harry investigar. Uma criatura voadora atravessa uma janela e entra na loja e ataca Harry. Harry derrota o monstro com sua arma e fica parado em descrença por um momento antes de sair do restaurante. Harry logo encontra outros monstros nas ruas enevoadas, e ele rapidamente descobre a utilidade do rádio quando ele emite estática intensificada à medida que os monstros se aproximam. Seguindo uma pista deixada por sua filha, Harry acaba encontrando o caminho para a Escola Primária de Midwich para procurar por ela.

Desde sua inspeção inicial, a própria escola há muito tempo está deserta. Em vez de alunos e professores, Harry encontra muitos Grey Children ou Mumblers. Ele trabalha ao redor, eventualmente destrancando a torre do relógio no pátio da escola. Ao chegar ao outro lado da instalação em frente a ele, ele fica surpreso ao descobrir que o mundo mais uma vez mudou para o Outro Mundo. Mais uma vez, a luz já diminuindo é reduzida a nada mais do que a lanterna de Harry pode produzir, e as superfícies sofreram uma mudança assustadora para as plataformas de metal e irregulares. Na escola do Outro Mundo, Harry viaja para a sala das caldeiras. No interior, a luz é lançada por um cadáver flamejante, iluminando uma criatura conhecida como Split Head - um grande lagarto com a cabeça dividida ao meio. Com sua derrota, tudo se transforma em trevas, e então a luz volta a revelar uma sala de caldeiras comum. Uma garota, Alessa Gillespie, está encostada na caldeira e se vira para Harry antes de desaparecer no ar.


Confuso, Harry sai da escola. Ele ouve um sino de igreja tocando à distância e se dirige para a Igreja dos Balcãs, onde ele vê uma mulher rezando em um altar. Ela se vira para encontrar Harry, e em uma conversa que ele tem dificuldade em entender, ela se revela ser Dahlia Gillespie. Ela dá a Harry um item místico chamado Flauros e diz a ele para se apressar para o hospital. Antes que Harry possa fazer qualquer pergunta, Dahlia sai e Harry sai da igreja. Ele atravessa uma ponte que leva ao Silent Hill Central.

Harry chega ao Hospital Alchemilla, onde ele encontra Michael Kaufmann, um médico tão perplexo quanto Harry sobre as circunstâncias atuais. Logo após esta reunião, Harry pode obter um líquido vermelho conhecido como Aglaophotis, cujo grande propósito é revelado mais tarde, usando uma garrafa. Harry suporta outra mudança para o Outromundo, transformando a unidade médica na versão distorcida do hospital, infestada de enfermeiras monstruosas. Ao longo do caminho, ele também conhece Lisa Garland, uma enfermeira aterrorizada. Embora ela saiba muito sobre a cidade e sua história, ele é incapaz de obter respostas antes de ser transportado de volta para o Mundo da Neblina, onde Dahlia reaparece e diz a ele "Marca de Samael", um símbolo estranho que ele viu em vários locais , não deve ser completado, para que as "trevas" devorem toda a cidade.


Encontrando-se com Cybil, que viu uma garota no lago, a dupla encontra um altar escondido em uma loja de antiguidades, mas Harry desaparece de vista de Cybil, para sua confusão. Enquanto isso, Harry se vê de volta ao hospital com Lisa, que lhe dá instruções para o lago, mas também diz a Harry que ela acha que "não deveria sair". No caminho para o lago, Harry passa por alguns esgotos e entra na área do resort.

O jogador pode determinar o destino de Kaufmann (e o final do jogo), escolhendo ajudá-lo no Annie's Bar e fazendo uma sidequest. Cânon-sábio, Harry salva Kaufmann e cumpre o sidequest. Kaufmann agradece, mas seu negócio o pressiona adiante. Harry encontra um esconderijo de motocicleta de um misterioso frasco vermelho em um tanque de gasolina, e Kaufmann reaparece e, com raiva, o arrebata.

Logo depois, o pesadelo do Outro Mundo começa a tomar conta da cidade inteiramente. Reagrupando-se com Cybil e decidindo parar a conclusão da marca com o pedido desesperado de Dahlia, Harry segue para o farol, enquanto o objetivo de Cybil é alcançar o Parque de Diversões de Lakeside. Como um assaltante desconhecido ataca Cybil, Harry mais uma vez vê Alessa e a "Marca de Samael" no topo do farol antes de ir para o parque de diversões.


No carrossel do parque de diversões, Cybil aparece, possuída por um parasita. O jogador pode escolher salvar ou matar Cybil, afetando mais uma vez o final do jogo; se Harry quiser salvar Cybil, ele deve usar o líquido vermelho que obteve no hospital (conseguindo assim um dos finais "bons"). No entanto, Cybil é morto por Harry nos finais regulares de Bom e Mau. Com Alessa aparecendo mais uma vez, Harry involuntariamente usa os Flauros para prendê-la. Dahlia aparece, revelando que ela o manipulou para confiná-la, já que ele era o único que seria capaz de se aproximar dela, e que Alessa é de fato sua filha.

Com os poderes de Alessa fora de controle, Harry acorda e se vê de volta ao mundo distorcido que se assemelha ao hospital, conhecido apenas como Nada. Ele encontra Lisa, e ela sangra de todos os orifícios na frente de um Harry horrorizado, que foge quando ela se aproxima dele, embora ele seja claramente compreensivo. O diário de Lisa, deixado na sala, explica que ela era a enfermeira que atendia Alessa em troca de uma droga da qual ela era viciada, a PTV, fornecida por Kaufmann. No Nada, Harry testemunha um flashback de uma reunião entre Dahlia, Kaufmann e dois médicos do culto, discutindo a hospitalização de Alessa e o renascimento de Deus.


Harry logo encontra Dahlia e possivelmente Cybil se ele a salvou anteriormente (a sobrevivência de Cybil pode ou não ser canônica), bem como uma figura em uma cadeira de rodas enrolada em bandagens: Cheryl e Alessa se recombilaram, com a projeção astral de Alessa nas proximidades. Tanto o flashback quanto as palavras de Dahlia explicam que Dahlia sacrificou sua filha para disparar sete anos atrás em uma tentativa de nutrir e provocar o nascimento do deus adorado por um culto fanático, a Ordem, da qual Dahlia é uma sacerdotisa, e que o deus agora reside dentro do ventre de Alessa. Ao fazer isso, Alessa dividiu sua alma ao meio para impedir que Deus nascesse. A outra metade da alma se manifestou como Cheryl, a quem Harry e sua esposa acharam quando bebê na estrada fora de Silent Hill e posteriormente adotaram.

No presente, Alessa chamou Cheryl de volta a Silent Hill para que seu poder total fosse restaurado. Alessa então inscreveria vários Selos de Metatron ao redor da cidade e purificaria Silent Hill da realidade, se matando para impedir o nascimento de Deus. Alessa se manifestou como uma projeção astral na cidade para colocar as marcas que Harry viu em uma tentativa de manter o deus na baía. Dahlia também revela que a "Marca de Samael" é o Selo de Metatron, e Dahlia usou Harry como seu peão. Com o plano de Alessa derrotado e as duas metades de sua alma agora juntas, a criatura divina começa a se manifestar.


Nos finais Bom e Bom+, Kaufmann aparece e lança um frasco de Aglaophotis no deus, expulsando o Incubus das costas da Incubadora. Nos finais ruins não-canônicos, Kaufmann não aparece, e Harry enfrenta a Incubadora. Ambas as formas matam Dahlia instantaneamente antes de voltar sua atenção para Harry, que finalmente a derrota.

Houve algum debate sobre qual final de Silent Hill é canon. Embora seja um fato que os finais ruins não podem ser canônicos, já que Heather Mason não "nasceu" nesses finais, tem havido debates sobre se o Good + também pode ou não ser considerado como cânone.

O Livro das Memórias Perdidas afirma que o final básico Bom (no qual Cybil também morre) é o "final ortodoxo ligado ao terceiro jogo." No entanto, em uma seção sobre o relacionamento de Cybil e Harry após o final Bom + no Livro das Memórias Perdidas, o escritor Hiroyuki Owaku afirmou que o que aconteceu com Cybil foi "deixado para a imaginação dos jogadores". Quando perguntado se Cybil estava morta, o desenvolvedor Masahiro Ito respondeu: "Sim, eu lembro que Cybil está morta". Quando perguntado sobre o significado da declaração de Owaku, ele respondeu: "Se você escolher o final 'bom +' entre eles, ela é talvez não esteja morta. "

O diretor Keiichiro Toyama, que deixou o Team Silent depois de Silent Hill e não estava envolvido com as entradas, inicialmente afirmou que pretendia que o bom final fosse o verdadeiro final, e acredita que Owaku desenvolveu Silent Hill 3 no final do primeiro jogo. No entanto, Toyama mudou de idéia e também considera o final Good + como "um final verdadeiro".

A novelização usa o bom + final; no entanto, a canonicidade da novelização é discutível, uma vez que também foi escrito por Sadamu Yamashita, que não estava envolvido no trabalho nos jogos.